Чингиз-Тарбагатайская островодужная система характеризуется широким проявлением основного, среднего и кислого интрузивного магматизма. Среди интрузивных образований в ЧТОС немалую роль играют щелочные граниты. Они сформированы в неоднозначных геодинамических обстановках. Щелочные граниты габбро-плагиогранитовой формации (канчингизский комплекс, С₂) зародились в условиях океанических островов и являются дифференциатами толеитовой андезит-базальтовой магмы. Морфологически щелочные граниты выражены штоками и жилами, сложены альбит-олигоклазом 30-50%, пертитом 20-40%, кварцем - 28-35%, биотитом. Акцессорные в них в виде циркона, апатита, сфена, граната, магнетита. Геохимической особенностью является обогащенность пород Cu, Ni, Co, Ga, Rb, Cs, Sn. Роль Na превалирует над K.

Щелочные граниты сформированные на завершающей стадии каледонского тектогенеза в аккреционно-коллизионной геодинамической обстановке, тесно ассоциируют с позднеорогенными калиевыми гранитами и составляют единую серию лейкогранит - аляскит - щелочной гранит - щелочной сиенит - нефелиновый сиенит (кызылобинский D₂ и саргалдакский D₃ комплексы). Представлены массивами в разломах субмеридионального и северо-восточного простираний, сложены близкими количествами кварца, калишпата (микроклина или микроклин-пертита), зонального плагиоклаза, щелочной роговой обманки, биотита. Из элементов-примесей в значениях выше кларка - Y, Rb, Ce, Cu, Sc.

Пермские щелочные граниты (кайнарский, кшиординский, тлеумбетский комплексы Р₂) приурочены к рифтогенным разломам, связанными с герцинской активизацией эпиконтинентального каледонского массива. Форма тел штокообразная. Граниты сложены микроклин-пертитом 60-80%, кварцем 25-30%, альбитом до 10%, рибекитом (2-5%), примесь: биотит, эгирин, астрофиллит. Из элементов акцессориев установлены: Yb, Y, Sn, Rb, Cu, Zn, Nb. Геохимически обогащены редкими и редкоземельными элементами. Данные граниты наиболее рудоносные. С ними связаны рудные формации: эпимагматическая Nb, Zr, TR (месторождение Кишорда), грейзеновая W, Mo, Cu (Делеген), скарновая W, Mo, флюорит (Караджал), пегматитовая Zr, Li, TR (Догалан).